Школа является  одним из старейших учебных заведений не только Оренбуржья, но и России. Её история - это одновременно история развития станицы Новоорской, Новоорского района и  народного образования  в нашем крае.

Первым  директором  (законоучителем) был местный  священник Лепорижский Святой Виталий, окончивший курсы Оренбургской  духовной семинарии. Занятия в школе проводились урядниками и зажиточными казаками. Дети получали образование в три класса церковно-приходской школы.

В начале 20 века церковно-приходская школа  была реформирована и пустующую нишу заполнило общедоступное обязательное народное образование. Школа №1 получила статус неполной средней школы и располагалась в разных домах по улице Оренбургской,  пока в 1940 году не было построено современное, по тем меркам, здание. В этом же году образовательное учреждение приобретает статус семилетней школы.

В годы войны в школе не учились. Из ее стен ушли на фронт 28 человек, в том числе 3 педагога, 20 из ушедших на войну погибли. С июля 1941 по август 1943 года в здании школы располагался  военный госпиталь. Чтобы увековечить это событие, в Новоорской школе №1 была открыта мемориальная доска, а в самом здании открыт музей «История госпиталя №3921».